Για την κάλυψη των διδακτικών και ερευνητικών αναγκών του Π.Μ.Σ. χρησιμοποιούνται οι χώροι διδασκαλίας, τα εργαστήρια, ο εξοπλισμός και η διοικητική δομή του Τμήματος Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας, η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και οι υποδομές/εξοπλισμός των ανασκαφικών προγραμμάτων.
Το Εργαστήριο υποστηρίζει την εκπαίδευση των μεταπτυχιακών φοιτητών στις σύγχρονες αρχαιολογικές μεθόδους και προσεγγίσεις, τις αρχαιολογικές ανασκαφές και τα πάσης φύσεως ερευνητικά προγράμματα του Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος. Παράλληλα, αποτελεί έναν χώρο διεξαγωγής ερευνητικών δραστηριοτήτων και δημιουργικών συναντήσεων των μεταπτυχιακών φοιτητών.
Η Εκπαιδευτική Αρχαιολογική Συλλογή, η οποία περιλαμβάνει αντιπροσωπευτική κεραμική διαφορετικών χρονολογικών περιόδων από διάφορες θέσεις της ελληνικής επικράτειας, καθώς και συλλογές αναφοράς οστών ζώων και λίθινων εργαλείων, αποτελεί χώρο εξειδικευμένης εκπαίδευσης και έρευνας.
Οι ανάγκες των φοιτητών και των διδασκόντων του Τμήματος για εξειδικευμένη βιβλιογραφική έρευνα (βιβλία, έντυπα, ηλεκτρονικά περιοδικά, βάσεις δεδομένων κλπ) καλύπτονται από την Κεντρική Βιβλιοθήκη στο Βόλο.
Τα ανασκαφικά προγράμματα που διευθύνουν δύο από μέλη Δ.Ε.Π. του Τομέα στην Κύθνο (Α. Μαζαράκης Αινιάν) και την αρχαία Σικυώνα (Γ. Λώλος) διαθέτουν κτίρια αφιερωμένα αποκλειστικά στις ανάγκες των ερευνών πεδίου που διεξάγονται στις εν λόγω περιοχές. Στην Κύθνο, το «Κέντρο μελετών της αρχαιολογικής αποστολής Βρυοκάστρου» στεγάζεται από το 2003 σε διώροφο παραδοσιακό οίκημα στην κεντρική οδό της Χώρας της Κύθνου, με χώρους εργασίας στο ισόγειο και χώρους διαμονής στον όροφο. Στη Σικυώνα, το «Κέντρο Μελετών Αρχαίας Σικυώνας», είναι διώροφο κτίριο νεοκλασικού ρυθμού, πλήρως ανακαινισμένο, με γραφεία και βιβλιοθήκες στο ισόγειο και δωμάτια διαμονής των συνεργατών στον όροφο.
Το καλοκαίρι του 2024 προβλέπεται η διενέργεια των ακόλουθων συστηματικών ανασκαφών υπό τη διεύθυνση των διδασκόντων του Τμήματος Ι.Α.Κ.Α.