Για την κάλυψη των διδακτικών και ερευνητικών αναγκών του ΠΜΣ χρησιμοποιούνται οι χώροι διδασκαλίας, τα εργαστήρια, ο εξοπλισμός και η διοικητική δομή του Τμήματος, η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και οι υποδομές-εξοπλισμός των ανασκαφικών προγραμμάτων.
Το Εργαστήριο υποστηρίζει την εκπαίδευση των μεταπτυχιακών φοιτητών και τις αρχαιολογικές ανασκαφές και τα πάσης φύσεως ερευνητικά προγράμματα του Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος. Παράλληλα, αποτελεί έναν χώρο διεξαγωγής ερευνητικών δραστηριοτήτων και δημιουργικών συναντήσεων των μεταπτυχιακών φοιτητών.
Η εκπαιδευτική διαδικασία και η έρευνα ενισχύονται και ολοκληρώνονται με την ύπαρξη της Εκπαιδευτικής Αρχαιολογικής Συλλογής.
Το Τμήμα Ι.Α.Κ.Α. διαθέτει τέσσερις αίθουσες διδασκαλίας σεμιναριακών μαθημάτων, εργαστήριο ηλεκτρονικών υπολογιστών με 33 PC, και δύο φωτοτυπικά μηχανήματα στη διάθεση των μεταπτυχιακών φοιτητών.
Οι ανάγκες των φοιτητών και των διδασκόντων του Τμήματος για την πρόσβαση σε πληροφοριακό υλικό (βιβλία, έντυπα, ηλεκτρονικά περιοδικά, βάσεις δεδομένων κλπ) καλύπτονται από την Κεντρική Βιβλιοθήκη στο Βόλο.
Τα ανασκαφικά προγράμματα που διευθύνουν μέλη ΔΕΠ του Τομέα στην Κύθνο (Α. Μαζαράκης Αινιάν) και την αρχαία Σικυώνα (Γ. Λώλος) διαθέτουν κτίρια αποκλειστικά προς χρήση της ανασκαφής. Στην Κύθνο, το «Κέντρο μελετών της αρχαιολογικής αποστολής Βρυοκάστρου» στεγάζεται από το 2003 σε διώροφο παραδοσιακό οίκημα στην κεντρική οδό της Χώρας της Κύθνου, με χώρους εργασίας στο ισόγειο και χώρους διαμονής στον όροφο. Στη Σικυώνα, το «Κέντρο Μελετών Αρχαίας Σικυώνας», είναι διώροφο κτίριο νεοκλασικού ρυθμού, πλήρως ανακαινισμένο, με γραφεία και βιβλιοθήκες στο ισόγειο και δωμάτια διαμονής των συνεργατών στον όροφο.
Το καλοκαίρι του 2023 προβλέπεται η διενέργεια των ακόλουθων συστηματικών ανασκαφών υπό τη διεύθυνση των διδασκόντων του Τμήματος Ι.Α.Κ.Α.